Rurik ailesinden olmayan ilk Rus çar Boris Godunov, 13 Nisan 1605'te 53 yaşında öldü. Ölümü sırlarla dolu ve bugüne kadar tarihçiler ölümünün doğal mı yoksa şiddetli mi olduğunu tartışıyorlar.
Chronicle belgeleri, ölüm gününde Godunov'un sağlıklı göründüğünü, büyük bir iştahla yemek yediğini ve Moskova'yı incelemeyi sevdiği kuleye tırmandığını gösteriyor. Sonra hasta hissederek onun yanından aşağı indi. Çara çağrılan doktor hiçbir şey yapamadı, çarın kulaklarından ve burnundan kan geldi, yakında Godunov gitti.
O sırada Rus otokratının mahkemesinde bulunan İngiliz büyükelçisi Thomas Smith'in temsilcilerinden birinin yazdığı gibi, çar mide bulantısı ve ağrıya ek olarak hissetti ve doktor gelmeden önce öldü.
Boris Godunov'un ani ölümü, mide ağrıları çarın zehirlendiğinden şüphelenmek için sebep veriyor. Ölümü, her şeyden önce, o sırada birlikleri Moskova'ya yaklaşan Yanlış Dmitry I'in yandaşları için faydalı oldu.
Halk arasında, halk arasında sevilmemesinden, ülkedeki açlıktan ve Polonyalılar tarafından işgal edilmesinden kaynaklanan bir umutsuzluk krizinde çarın kendisinin zehirlendiğine dair bir söylenti vardı.
Boris'in öfkesini, karakterini, her şeye hazır olduğu (Korkunç İvan'ı zehirlemekle, IV. Fedor İvanoviç yönetimindeki Rusya'nın fiili hükümdarı, Godunov'un intihar versiyonundan şüphe edebilirsiniz. Rus halkı, çar hakkındaki görüşü, büyük olasılıkla otokrata kayıtsızdı. Polonyalıların ülke çapında ilerlemesi de çar'ı korkutamadı, çünkü Rus tarihinde daha da kötü zamanlar vardı, örneğin Moğol-Tatarların Rusya'ya işgalini hatırlayalım.
Godunov'un son zamanlarda sık sık hasta olduğu ve ölümünün otokratın uzun bir hastalığının sonucu olabileceği unutulmamalıdır.